कोशिका की दिशा बदलने का एक कम्प्यूटेशनल मार्ग

कोरिया एडवांस्ड इंस्टीट्यूट ऑफ साइंस एंड टेक्नोलॉजी (KAIST) के शोधकर्ताओं ने एक सामान्य-उद्देश्य वाला कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क पेश किया है जो यह बदल सकता है कि वैज्ञानिक कोशिका की पहचान के नियंत्रण को कैसे देखते हैं। NUDGE नामक यह विधि एक कोशिका को एक ही, अस्थायी हस्तक्षेप के माध्यम से वांछित अवस्था की ओर ले जाने के लिए डिज़ाइन की गई है — न कि जीन को स्थायी रूप से "चालू" या "बंद" विन्यास में बंद करके।

यह कार्य KAIST के जैव और मस्तिष्क इंजीनियरिंग विभाग के प्रोफेसर क्वांग-ह्यून चो के नेतृत्व में किया गया और जर्नल Proceedings of the National Academy of Sciences में प्रकाशित हुआ। शोध टीम के अनुसार, NUDGE कोशिकाओं के भीतर पहले से मौजूद जीन नियामक गतिकी का उपयोग करता है, और उन गतिकी को कोशिका की दिशा बदलने के तंत्र के रूप में इस्तेमाल करता है, न कि उन्हें ओवरराइड करता है।

इस परियोजना के केंद्र में मौजूद प्रश्न धोखे से सरल है: स्टेम सेल को किसी विशेष कोशिका प्रकार की ओर ले जाने, या किसी प्रतिरक्षा कोशिका की सूजन प्रतिक्रिया को संशोधित करने के लिए किन जीनों को नियंत्रित करने की आवश्यकता है? इसका सटीक उत्तर देना पुनर्योजी चिकित्सा और दुर्दम्य रोगों के उपचार के प्रयासों के लिए प्राथमिकता बन गया है।

कोशिका की दिशा चिकित्सीय लक्ष्य क्यों बन गई है

कोशिका की दिशा बदलने वाली तकनीकों ने बढ़ती रुचि आकर्षित की है क्योंकि वे जो संभव बनाती हैं। वे स्टेम सेल को विशिष्ट कार्यों वाली कोशिकाओं में विभेदित कर सकती हैं, या रोगग्रस्त और वृद्ध कोशिकाओं को लगभग सामान्य अवस्था की ओर धकेल सकती हैं।

विभेदन वह प्रक्रिया है जिसके द्वारा एक स्टेम सेल एक विशिष्ट भूमिका वाली विशेषीकृत कोशिका बन जाती है — उदाहरण के लिए, एक कार्डियोमायोसाइट, या एक न्यूरॉन। उस प्रक्रिया को मांग पर निर्देशित करने की क्षमता शोधकर्ताओं को ऊतक मरम्मत, रोग प्रगति और उम्र बढ़ने की जीव विज्ञान पर एक शक्तिशाली लीवर देगी।

लेकिन कोशिका का गंतव्य चुनना समस्या का केवल आधा हिस्सा है। कोशिका को वहाँ कैसे बनाए रखा जाता है — और उस बनाए रखने की क्या कीमत है — यह उतना ही महत्वपूर्ण है।

KAIST Finds a Way to Redirect Cell Fate with Just a Single Stimulus
कोशिका की दिशा नियमन के लिए अस्थायी बनाम स्थायी नियंत्रण फ्रेमवर्क। श्रेय: कोरिया एडवांस्ड इंस्टीट्यूट ऑफ साइंस एंड टेक्नोलॉजी (KAIST)

स्थायी हस्तक्षेपों की कीमत

कोशिका की दिशा नियंत्रित करने की मौजूदा विधियाँ मुख्य रूप से स्थायी हस्तक्षेपों पर निर्भर रही हैं। व्यवहार में, इसका मतलब है विशिष्ट जीनों को एक निश्चित अवस्था में बंद रखना, या तो स्थायी रूप से चालू या स्थायी रूप से बंद, ताकि कोशिका वांछित पहचान में स्थिर हो जाए।

यह दृष्टिकोण इच्छित कोशिका अवस्था उत्पन्न कर सकता है। फिर भी इसमें प्रलेखित सीमाएँ हैं। जीनों को निश्चित विन्यासों में मजबूर करना प्लास्टिसिटी को कम कर सकता है — वह लचीलापन जो कोशिकाओं को उनके पर्यावरण में भविष्य के परिवर्तनों के अनुकूल होने देता है। यह असामान्य कोशिका अवस्थाएँ भी उत्पन्न कर सकता है जो प्रकृति में मौजूद नहीं हैं।

NUDGE एक अलग आधार पर बनाया गया था: कि एक संक्षिप्त, न्यूनतम धक्का किसी कोशिका को एक नई प्रक्षेपवक्र पर ले जाने के लिए पर्याप्त हो सकता है, जिससे उसकी अंतर्निहित आनुवंशिक सामग्री अपरिवर्तित रहती है।

NUDGE के चार चरण

इस फ्रेमवर्क को सामान्य-उद्देश्य वाला बताया गया है, जिसका अर्थ है कि यह किसी एक कोशिका प्रकार या किसी एक रोग संदर्भ से बंधा नहीं है। इसका काम उन नियंत्रण कारकों के न्यूनतम संयोजन की पहचान करना है जो किसी कोशिका को वांछित फेनोटाइप की ओर ले जाने में सक्षम हैं। टीम चार चरणों की रूपरेखा देती है, जो क्रम से लागू होते हैं:

  • लक्ष्य नोड निर्धारित करना। प्रक्रिया उस कोशिका अवस्था को परिभाषित करने से शुरू होती है जिस तक शोधकर्ता पहुँचना चाहता है।
  • न्यूनतम नियंत्रण लक्ष्यों की पहचान करना। फ्रेमवर्क कोशिका को उस फेनोटाइप की ओर ले जाने के लिए आवश्यक नियंत्रण कारकों के सबसे छोटे समूह को सीमित करता है।
  • सापेक्ष स्थिरता की गणना करना। विश्लेषण संक्रमण में शामिल अवस्थाओं की स्थिरता को तौलता है।
  • नियंत्रण तंत्र का विश्लेषण करना। अंतिम चरण जाँचता है कि प्रस्तावित हस्तक्षेप अपना प्रभाव कैसे उत्पन्न करता है, जो विशुद्ध रूप से अनुभवजन्य नुस्खे के बजाय एक तंत्रात्मक विवरण प्रदान करता है।

साथ में, ये चरण कुछ ऐसा देने का लक्ष्य रखते हैं जो पारंपरिक जीन हेरफेर नहीं देता: एक सटीक रूप से सीमित, अस्थायी धक्का जो कोशिका के अपने नियामक तर्क का उपयोग करता है।

स्टेम सेल से प्रतिरक्षा कोशिकाओं तक

फ्रेमवर्क की घोषित महत्वाकांक्षा व्यापक है। एक ओर, यह पुनर्योजी चिकित्सा की क्लासिक समस्या को लक्षित करता है — स्टेम सेल को उपयोगी कार्यों वाली विशेषीकृत कोशिकाओं में बदलना। दूसरी ओर, यह प्रतिरक्षा कोशिकाओं को संबोधित करता है, जहाँ लक्ष्य पहचान बदलना नहीं बल्कि सूजन प्रतिक्रिया को संशोधित करना है।

दोनों मामलों में एक सामान्य संरचना है। प्रत्येक में, एक शोधकर्ता उस अवस्था को जानता है जो वह चाहता है — एक कार्डियोमायोसाइट, एक न्यूरॉन, एक शांत प्रतिरक्षा कोशिका — लेकिन उन जीन-स्तरीय नियंत्रणों को नहीं जानता जो न्यूनतम व्यवधान के साथ वहाँ पहुँचाएँगे। NUDGE को उस प्रश्न का व्यवस्थित उत्तर देने वाले उपकरण के रूप में प्रस्तुत किया गया है।

KAIST Finds a Way to Redirect Cell Fate with Just a Single Stimulus
NUDGE लागू करने के चरणों में चार चरण होते हैं, जो निम्नलिखित क्रम में लागू होते हैं: लक्ष्य नोड निर्धारित करना, न्यूनतम नियंत्रण लक्ष्यों की पहचान करना, सापेक्ष स्थिरता की गणना करना, और नियंत्रण तंत्र का विश्लेषण करना। इस प्रक्रिया के माध्यम से, फ्रेमवर्क कोशिका को वांछित फेनोटाइप की ओर ले जाने में सक्षम नियंत्रण कारकों के न्यूनतम संयोजन की पहचान करता है, साथ ही उस नियंत्रण की स्थिरता और तंत्र की भी। श्रेय: कोरिया एडवांस्ड इंस्टीट्यूट ऑफ साइंस एंड टेक्नोलॉजी (KAIST)

चूँकि हस्तक्षेप अस्थायी है, कोशिका में जीन स्थायी रूप से स्थिर नहीं छोड़े जाते। यह अंतर प्लास्टिसिटी के लिए, और किसी भी ऐसी कोशिका के दीर्घकालिक व्यवहार के लिए मायने रखता है जो अंततः चिकित्सीय सेटिंग में उपयोग की जा सकती है।

एक आधारभूत तकनीक, पूर्ण चिकित्सा नहीं

टीम NUDGE को आधारभूत तकनीक बताती है — एक कम्प्यूटेशनल परत जो नियंत्रण लक्ष्यों की पहचान करती है, न कि स्वयं एक उपचार। यह ढाँचा महत्वपूर्ण है। फ्रेमवर्क का आउटपुट इस बारे में भविष्यवाणियों का एक समूह है कि किन कारकों को और कैसे बाधित करना है, ऐसी भविष्यवाणियाँ जिन्हें फिर जीवित प्रणालियों में मान्य किया जाना होता है।

फिर भी, एक सामान्य-उद्देश्य वाली विधि का आकर्षण स्पष्ट है। हर कोशिका प्रकार और हर रोग के लिए एक अनुरूप नियंत्रण रणनीति जोड़ने के बजाय, शोधकर्ता एक ही विश्लेषणात्मक पाइपलाइन लागू कर सकते हैं और प्रत्येक कोशिका की नियामक गतिकी को उत्तर निर्धारित करने दे सकते हैं।

यह दृष्टिकोण क्या संकेत देता है

कोशिका दिशा इंजीनियरिंग सिंथेटिक बायोलॉजी, सिस्टम्स बायोलॉजी और पुनर्योजी चिकित्सा के संगम पर स्थित है, और यह लंबे समय से अपने उपकरणों की कुंदता से सीमित रही है। स्थायी आनुवंशिक ताले शक्तिशाली हैं, लेकिन वे सूक्ष्म नहीं हैं।

NUDGE प्रस्ताव करता है कि सूक्ष्मता पर्याप्त हो सकती है — कि जीन नियामक नेटवर्क में सही नोड्स पर लक्षित एक एकल अस्थायी उत्तेजना किसी कोशिका को उसके जीनों पर स्थायी निशान छोड़े बिना पुनर्निर्देशित कर सकती है। यदि यह आधार प्रायोगिक कार्य में टिकता है, तो यह बदल सकता है कि शोधकर्ता प्रयोगशाला बेंच से नैदानिक अनुप्रयोगों की ओर कोशिका पहचान को निर्देशित करने के बारे में कैसे सोचते हैं।

यह शोध Proceedings of the National Academy of Sciences में प्रकाशित हुआ है।

यह लेख Phys.org की रिपोर्टिंग पर आधारित है। मूल लेख पढ़ें।

Originally published on phys.org