Une couche cachée de la biodiversité des récifs apparaît au grand jour

Des scientifiques qui étudient les récifs coralliens du Pacifique ont mis au jour un niveau frappant de diversité microbienne qui était largement passé inaperçu, ainsi que des indices montrant que ces microbes pourraient être une source importante de composés bioactifs. Les travaux, rapportés par des chercheurs impliqués dans le consortium Tara Pacific et mis en avant par l’Université de Galway, suggèrent que les récifs renferment un inventaire biochimique bien plus profond que ne le laisserait supposer la seule vie marine visible.

L’étude a examiné des échantillons de microbiome provenant de 99 récifs coralliens répartis sur 32 îles du Pacifique. À partir de ces échantillons, les chercheurs ont reconstruit les génomes de 645 espèces microbiennes, et plus de 99% n’avaient jamais été décrites génétiquement auparavant. À elle seule, cette découverte constitue déjà un résultat majeur en matière de biodiversité. Mais l’intérêt scientifique va plus loin: nombre de ces microbes associés aux coraux semblent porter l’outillage génétique nécessaire à la production de composés naturels susceptibles d’avoir une valeur médicale ou industrielle.

Chaque espèce de corail abrite ses propres partenaires microbiens

L’un des constats les plus nets est que les espèces de corail ne partagent pas simplement un microbiome générique de récif. Au contraire, chaque hôte entretient sa propre communauté microbienne spécialisée. Cela signifie que les récifs coralliens ne sont pas seulement des structures écologiques construites par des animaux et des algues. Ce sont aussi des habitats microbiens élaborés, dont la chimie peut varier d’un hôte à l’autre de façon que les scientifiques commencent à peine à cartographier.

Cette observation compte parce que les microbes sont souvent de très prolifiques chimistes. Beaucoup des composés les plus utiles en médecine et en biotechnologie proviennent du métabolisme microbien ou d’efforts pour l’imiter. Dans le système récifal étudié ici, les bactéries associées contenaient, selon le texte source, une gamme plus large de clusters de gènes biosynthétiques que ce qui a été enregistré ailleurs dans l’océan. Ces clusters sont les instructions génétiques que les organismes utilisent pour fabriquer des composés naturels.

Pourquoi la chimie se distingue

  • Les espèces microbiennes sont en grande partie nouvelles pour la description génétique.
  • Leur association avec des hôtes coralliens spécifiques suggère des rôles écologiques spécialisés.
  • Les clusters de gènes biosynthétiques identifiés indiquent une capacité étendue à produire des molécules biologiquement actives.