Le COVID long très sévère est lié à des microbiomes pulmonaires et buccaux distincts

Un signal du microbiome dans le COVID long sévère

Les personnes atteintes d’un COVID long très sévère présentaient des différences distinctes dans les microorganismes présents dans leur bouche et leurs poumons, selon une étude de plus de 700 personnes publiée dans l’European Respiratory Journal.

La recherche n’établit pas que les changements microbiens causent le COVID long. Elle relie toutefois les différences du microbiome pulmonaire à des symptômes respiratoires ainsi qu’aux problèmes cognitifs et digestifs signalés par certaines personnes atteintes de la maladie. Ces résultats offrent une autre piste pour comprendre pourquoi la récupération varie autant après la COVID-19.

Le COVID long peut toucher plusieurs organes et ses causes restent inconnues. Le microbiome —une communauté de bactéries et d’autres microbes vivant dans et sur le corps— constitue donc un domaine d’étude plausible. Des recherches antérieures avaient signalé des changements du microbiome intestinal chez les personnes atteintes de COVID long. Cette étude a examiné la bouche et les poumons, un choix pertinent puisque la COVID-19 est une maladie respiratoire.

Comment l’étude a été menée

Le travail faisait partie de PHOSP-COVID et incluait 771 personnes traitées pour la COVID-19 dans l’un des 38 hôpitaux du Royaume-Uni entre février 2020 et mars 2021. Tous les participants avaient été hospitalisés pendant leur maladie aiguë.

Les chercheurs ont réparti les participants selon la gravité de leurs symptômes cinq mois après leur sortie de l’hôpital. Les catégories étaient très sévère, sévère, modérée et légère. Le groupe très sévère présentait de graves déficiences physiques, mentales et cognitives. Le groupe sévère avait des déficiences mentales et physiques importantes sans problèmes cognitifs. Le groupe modéré se caractérisait principalement par des difficultés cognitives, tandis que le groupe léger présentait peu de symptômes et une bonne récupération.

Six mois après la sortie, les chercheurs ont recueilli des échantillons de salive et de crachats. Ils ont ensuite utilisé le séquençage de l’ADN pour identifier les microbes présents dans les échantillons buccaux et pulmonaires. L’analyse a pris en compte à la fois la diversité des communautés microbiennes et leurs quantités, puis a comparé ces mesures aux symptômes des participants.

Ce que les chercheurs ont trouvé

L’analyse a révélé des différences nettes chez les personnes atteintes de COVID long très sévère. En particulier, l’étude a fait état de différences du microbiome pulmonaire associées à des symptômes respiratoires ainsi qu’à des problèmes cognitifs et digestifs liés au COVID long.

La conception de l’étude est importante pour interpréter ce résultat. Les chercheurs ont comparé les profils microbiens entre des groupes définis par leur état de récupération après l’hospitalisation, plutôt que de présenter les différences du microbiome comme un test diagnostique autonome. Les résultats montrent une association entre la gravité du COVID long et la composition microbienne ; ils ne permettent pas à eux seuls de déterminer si les microbes provoquent les symptômes, si les symptômes modifient les communautés microbiennes ou si un autre facteur agit sur les deux.

Cette distinction est particulièrement importante dans une affection complexe. Les participants avaient souffert d’une COVID-19 suffisamment grave pour nécessiter une hospitalisation, et les échantillons ont été recueillis plusieurs mois après leur sortie. Le COVID long englobe des effets physiques, mentaux, cognitifs, respiratoires et digestifs, qui peuvent ne pas avoir une explication biologique unique.

Pourquoi les poumons et la bouche comptent

La bouche et les poumons sont des environnements reliés, mais ils ne sont pas interchangeables. La salive peut donner un aperçu du microbiome oral, tandis que les crachats fournissent des informations sur les microbes des voies respiratoires. L’examen des deux a permis aux chercheurs d’aller au-delà de l’intestin, qui avait concentré une grande partie de l’attention antérieure sur le microbiome.

Le raisonnement de l’équipe est direct : si le COVID long survient après une maladie qui touche principalement les poumons, le microbiome pulmonaire est un endroit logique à examiner. L’étude suggère que des différences microbiennes respiratoires pourraient être liées à un ensemble plus large de symptômes, et pas seulement à des problèmes respiratoires.

Cela ne signifie pas qu’un traitement simple du microbiome soit prêt à être utilisé. Le rapport original indique que ces résultats pourraient aider à expliquer pourquoi certaines personnes développent un COVID long et orienter vers de nouvelles approches thérapeutiques, mais il n’identifie aucun traitement précis et ne recommande pas de modifier les soins cliniques. Le résultat doit être compris comme une piste fondée sur des données, à approfondir.

Conséquences pour la recherche sur le COVID long

L’un des principaux défis de la recherche sur le COVID long consiste à distinguer les signaux qui accompagnent la maladie des mécanismes qui y contribuent activement. Le nouveau travail fournit une vaste cohorte issue de plusieurs hôpitaux et une méthode d’échantillonnage définie, donnant aux chercheurs une base pour des études de suivi plus ciblées.

Les recherches futures devront vérifier si ces profils microbiens apparaissent dans d’autres populations atteintes de COVID long, notamment chez les personnes dont l’infection initiale n’a pas nécessité d’hospitalisation. Elles devront aussi déterminer comment les différences du microbiome évoluent au fil du temps et si elles sont liées à des traitements antérieurs, à des changements immunitaires, à l’alimentation, à la santé respiratoire ou à d’autres facteurs.

Pour l’instant, l’étude s’ajoute aux données montrant que le COVID long présente des associations biologiques mesurables dans plusieurs systèmes de l’organisme. En reliant les microbiomes pulmonaire et buccal à la gravité des symptômes dans une cohorte bien caractérisée, elle offre aux scientifiques une nouvelle série de questions à explorer pour une maladie qui continue de toucher des millions de personnes dans le monde.

Cet article s’appuie sur un reportage de Medical Xpress. Lire l’article original.