Une menace bactérienne tenace a révélé une faiblesse majeure de la phagothérapie

Des chercheurs des A*STAR Infectious Diseases Labs, de la Nanyang Technological University, de la National University of Singapore et de leurs collaborateurs disent avoir mis au jour la manière dont Mycobacterium abscessus peut échapper à la phagothérapie et avoir démontré une stratégie à deux volets pour surmonter cette résistance. Publié dans les Proceedings of the National Academy of Sciences, le travail offre, selon l’équipe, des principes de conception actionnables pour élaborer des cocktails de phages plus durables contre les infections résistantes aux médicaments.

Ces résultats comptent parce que M. abscessus est un pathogène difficile, dont l’importance pour la santé publique ne cesse de croître. Il peut provoquer de graves infections pulmonaires et présente une résistance intrinsèque à de nombreux antibiotiques, ce qui rend le traitement difficile. Dans un monde où la résistance aux antimicrobiens érode constamment l’utilité des médicaments classiques, des alternatives comme la phagothérapie suscitent un intérêt croissant. Les phages sont des virus qui infectent les bactéries et peuvent parfois être utilisés pour cibler des agents pathogènes devenus difficiles à maîtriser avec les seuls antibiotiques.

Mais la phagothérapie a son propre problème: les bactéries évoluent. La nouvelle étude se concentre précisément sur cet obstacle, en demandant non seulement si les phages peuvent fonctionner, mais aussi comment se produit l’échappement bactérien et comment la conception du traitement peut le limiter.

Comment la bactérie se modifie pour survivre

Les chercheurs ont constaté que les souches dites lisses de M. abscessus, que le rapport indique être plus souvent observées en Asie, peuvent répondre à la pression des phages en passant à une forme rugueuse dans des modèles de laboratoire et précliniques. Cette transition a été associée à des mutations de gènes impliqués dans la production de glycopeptidolipides, des molécules qui façonnent la surface externe de la bactérie.

Ce point est important, car la structure de surface influe sur la manière dont les phages reconnaissent et attaquent les cellules bactériennes. En modifiant cette surface, la bactérie peut en pratique changer la cible que les phages cherchent à atteindre. L’équipe a aussi constaté que la résistance ne nécessitait pas toujours un passage de la forme lisse à la forme rugueuse. Dans certains cas, les bactéries sont restées phénotypiquement inchangées tout en échappant malgré tout à l’attaque des phages grâce à des mutations d’autres gènes liés à la surface. Pris ensemble, les résultats suggèrent que M. abscessus dispose de plusieurs voies pour échapper au traitement.

Cette multiplicité est précisément ce qui rend une thérapie durable si difficile. Si un pathogène ne dispose que d’une seule voie d’échappement prévisible, il est peut-être possible de la bloquer avec une combinaison bien choisie. S’il en possède plusieurs, le traitement doit être conçu en gardant à l’esprit la flexibilité évolutive.