Un nouveau génotype H5N1 a progressé rapidement le long des couloirs migratoires
Une étude publiée en ligne dans Nature Medicine le 15 avril 2026 rapporte qu’un génotype nouvellement classé de grippe aviaire hautement pathogène, D1.1, s’est rapidement développé chez les oiseaux sauvages en Amérique du Nord pendant la saison migratoire de 2024. L’article décrit le virus comme un réassortant, détecté pour la première fois en septembre 2024, puis suivi grâce à des programmes de surveillance active et passive au Canada et aux États-Unis.
Le constat central n’est pas seulement que le H5N1 est resté présent dans les populations d’oiseaux sauvages, mais qu’un génotype distinct semble s’être propagé assez vite pour remplacer des lignées A(H5) antérieures dans plusieurs couloirs migratoires. C’est important, car les couloirs migratoires sont les voies par lesquelles la grippe aviaire peut se déplacer sur de longues distances, franchir des juridictions et réensemencer à plusieurs reprises des foyers dans de nouveaux endroits.
En reliant la surveillance génomique au mouvement saisonnier des oiseaux sauvages, l’étude offre une image plus précise de la manière dont une lignée virale spécifique peut passer de son émergence à une large extension géographique en peu de temps. Elle montre aussi combien il est crucial de maintenir des systèmes de surveillance capables de détecter ces changements avant qu’ils ne deviennent visibles dans le cheptel ou dans les comptages de cas humains.
Ce que les chercheurs ont rapporté
Selon le résumé fourni avec le candidat, des virus de grippe aviaire hautement pathogène A(H5N1) du clade 2.3.4.4b sont arrivés en Amérique du Nord fin 2021, puis se sont rapidement réassortis avec des virus aviaires locaux. Le nouveau génotype D1.1 a été détecté en septembre 2024. À l’aide de données de surveillance provenant du Canada et des États-Unis, les chercheurs ont suivi son apparition et sa diffusion pendant la migration automnale.
L’étude indique que l’analyse phylodynamique a montré que les virus D1.1 formaient un groupe monophylétique. En pratique, cela soutient l’idée que les virus suivis dans le réseau de surveillance appartenaient à une lignée cohérente, récemment développée, plutôt qu’à un ensemble dispersé de détections non liées. L’article précise en outre que D1.1 a remplacé des génotypes A(H5) antérieurs dans plusieurs couloirs migratoires, soulignant qu’il ne s’agissait pas d’un événement marginal aux confins de la carte de surveillance.
Le texte source relie aussi l’expansion de D1.1 à des détections chez d’autres hôtes, dont 17 cas humains, quatre sévères ou mortels. Dans le même temps, le résumé note que les marqueurs d’adaptation aux mammifères observés dans les cas humains n’ont pas été détectés dans les virus d’oiseaux sauvages analysés dans l’étude. Cette distinction est importante : elle suggère que les résultats de surveillance chez les oiseaux sauvages n’ont pas montré directement les mêmes signatures d’adaptation que celles rapportées dans les cas humains.
